Los materiales del fondo están agrupados en cuatro colecciones:  

• La colección de audio, con más de 3.000 horas de grabación y 1.333 archivos, divididos en dos categorías: Tradición oral, que incluye entrevistas, testimonios, historias de vida, saberes, cuentos, cantos, entre otros, de las comunidades de Esmeraldas, Imbabura y Carchi. 

          Procesos, que incluye registros de asambleas, talleres, reuniones, de comunidades y organizaciones de base. 

• La colección fotográfica, con aproximadamente 10.000 fotografías, dividida en dos categorías:  

          De 1970 a 2002. 
          De 2002 hasta el presente. 
          La colección audiovisual, dividida en dos categorías: 
          Materiales audiovisuales producidos en comunidades afroecuatorianas. 
          Producciones audiovisuales desde y sobre lo afro en América Andina y Latina. 

• La colección escrita, digital e impresa, dividida en tres categorías: 

          Documentos históricos. 
          Documentos contemporáneos, donde está incluida una colección específica del trabajo de y sobre Juan García Salazar.

          Textos publicados desde y sobre lo afro en Ecuador, América Andina y en el resto de las Américas.

El Fondo Documental Afro-Andino ha recibido apoyo financiero del Instituto de Historia Social-Sephis de Holanda y del Convenio Andrés Bello. Fue ganador del “Concurso mundial sobre la preservación cultural” organizado por la Embajada de Estados Unidos y del proyecto “Otros saberes” de la Asociación de Estudios Latinoamericanos-LASA. También es componente de convenios interinstitucionales con la Universidad de Tennessee, Knoxville, y la Universidad de Cauca, Popayán. A propósito de la celebración del Día Nacional del Negro, la Secretaría de Pueblos, Movimientos Sociales y Participación Ciudadana y la Federación de Organización y Grupos Negros de Pichincha entregaron el “Illescas de oro” al Fondo Documental Afro Andino de la Universidad Andina Simón Bolívar.