El museo fue creado por iniciativa parlamentaria y depende del Congreso de la República (Mesa de Trabajo Afroperuana), por lo que su administración queda al margen del sistema de museos nacionales administrados por el Ministerio de Cultura.

En sus nueve salas de exposición permanente destacan los temas del tráfico de esclavos al Perú y América, vestigios de la cultura colonial asociados a los esclavos (grilletes, cepos), reproducciones de algunos documentos destacados (decretos libertarios y de manumisión, así como cartas de libertad); y el aporte cultural afro a la construcción del patrimonio nacional contemporáneo. El museo cuenta, además, con una pequeña sala de biblioteca con alguna bibliografía básica sobre el tema y otras de información general sobre la cultura, historia y patrimonio cultural peruano.

La falta de interés de los grupos parlamentarios por el museo explica las carencias presupuestales que adolece la institución, que no cuenta con recursos virtuales adecuados y que, incluso, fue cerrado temporalmente unos meses luego de su inauguración.

El museo no cuenta con un logo propio. En algunas actividades utiliza el logo de la Mesa de Trabajo Afroperuana del Congreso de la República.