El 28 de enero de 1671, la ciudad de Panamá, hoy conocida como Panamá la Vieja, sufrió un asalto de piratas liderado por el pirata Henry Morgan, que concluyó con la quema de la antigua ciudad. Esto causó un impacto catastrófico en el orden geopolítico del mundo colonial español. Ante tal desastre las autoridades españolas se vieron forzadas a construir una nueva ciudad a 7,5 km al suroeste de la primera, en una península en las estribaciones de Cerro Ancón. Allí la ciudad se encontraba más cercana a su puerto de gran calado en el fondeadero de Isla Perico, y además era posible protegerla de nuevos ataques mediante fortificaciones. Domingo Grillo y Ambrosio Lomelín, genoveses que mantenían el contrato con la Corona Española para el tráfico trasatlántico de personas, iniciaron desde los primeros días de octubre de 1671 el transporte de africanos esclavizados que fueron puestos al servicio de dicha construcción.

Al realizar el nuevo trazado de la ciudad amurallada, solamente se contaba con trescientos lotes que fueron distribuidos entre los pobladores blancos de la élite social. La población afro-mestiza  y los menesterosos fueron expulsados al arrabal de Santa Ana, el cual se encontraba a las afueras de la muralla y llegó a alcanzar unas doscientos setenta y ocho casas y veinte bohíos para 1717.

Al igual que en Panamá la Vieja, las casas de las élites de la Nueva Panamá, tales como la Casa Góngora, fueron construidas de manera que las personas esclavizadas  y la servidumbre estuvieron alojados en una estructura llamada cañón, que se encontraba separada de la estructura principal de la casa por un patio. El cañón tenía una fachada principal hacia la calle posterior o un callejón, de manera que los personas destinadas al servicio de los dueños pudiesen entrar y salir por la parte posterior. De esta manera, la conformación espacial de estas casas de élite reflejaban la segregación socio-racial de la época.

Durante la segunda mitad del siglo XVII la venta de personas  fue uno de los  principales soportes económicos del tráfico marítimo del Pacífico. Los registros fiscales de reexportación por el puerto de Panamá indican que, entre 1770 y 1778, el 57,3% del comercio correspondía a la salida de personas esclavizadas, mientras que entre 1779 y 1792, corresponde a un 37,8%. A pesar de este descenso, está claro que continuaba siendo uno de los principales ejes económicos  de la provincia.

Para la segunda mitad el siglo XVIII la inmensa mayoría del mercado de trabajo estaba ocupado por población libre, compuesta en su mayoría por afro-mestizos, mulatos y zambos. Además, las pocas personas esclavizadas  que quedaban habían nacido en Panamá y contaban con la posibilidad de optar por la manumisión. Para 1835 únicamente comprendían un 4,3% de la población. Estas cifras continuaron disminuyendo hasta 1851, momento en que se decreta la abolición de la esclavitud en Panamá, efectiva al año siguiente.

La ciudad de La Nueva Panamá forma parte del área declarada como Sitio de Patrimonio Mundial del a UNESCO desde 1997. Se conservan hoy en día muchos edificios emblemáticos del período colonial.