En 1579, muy cerca de Nombre de Dios, se fundó la Villa de Santiago del Príncipe, producto de la manumisión colectiva de africanos sublevados de la región,  quienes lograron además de la libertad, ropa, maíz o ganado para solventar en algo las necesidades de la comunidad. Más tarde se instaura Portobelo como el principal puerto del Caribe en 1597, momento en que se trasladan allí todos los vecinos de Nombre de Dios y con ellos los ex cimarrones de Santiago del Príncipe. Los castillos San Felipe de Sotomayor, Santiago de la Gloria, San Jerónimo y San Fernando, fueron construidos para fortificar el puerto contra los ataques de piratas. En la Aduana de Portobelo se cobraban los derechos reales sobre las mercancías que los africanos esclavizados descargaban de los galeones que llegaban desde España.

El barrio la Guinea, ubicado en las afueras de la ciudad fortificada, estuvo mayormente habitado por negros libres y esclavizados. Al transitar por el Camino Real para llegar hasta la Plaza Mayor de Portobelo se atravesaba el barrio La Guinea. Ya para 1606 el poblado de Portobelo contaba con unos cincuenta a sesenta vecinos españoles, y  trescientos dieciséis africanos esclavizados. Dadas las frecuentes carestías de alimentos e insumos, las condiciones malsanas de Portobelo y su vulnerabilidad a los ataques de piratas, la mayoría de la población española vivía de manera intermitente en la ciudad, desplazándose a Panamá para regresar a Portobelo durante las ferias. Por largos períodos en Portobelo solo permanecían pocos vecinos, además de los soldados, los funcionarios y las personas esclavizadas.

Durante el asiento otorgado por la Corona Española a los genoveses Domingo Grillo y Ambrosio Lomelín, Portobelo  fue uno de los enclaves autorizados para  el tráfico transatlántico de personas. De esta manera, entre 1663 y 1674, entraron por Portobelo el 60,74% del total de africanos esclavizados que llegaban a América.

Debido a la riqueza que se concentraba en Portobelo durante las ferias, la ciudad fue atacada numerosas veces. El 2 de diciembre de 1739 fue tomada por el almirante Vernon, quien destruyó todas las fortalezas, junto con el Fuerte de San Lorenzo de Chagres. Aunque en su segundo intento por invadir el istmo en 1742 fue contenido por la contraofensiva de las fuerzas locales, compuestas en su mayoría por tropas milicianas de afro descendientes. A partir de estos acontecimientos, España decidió  suspender el Régimen de Flotas y Galeones y el Istmo de Panamá empezó  a perder importancia económica y estratégica. En 1744  William Kinghills atacó nuevamente y disparó 5,000  cañonazos sobre la ciudad que se encontraba  indefensa y muy mal armada, arruinando la mayor parte de las casas y edificios públicos.  Igualmente fue detenido en su intento por desembarcar y cruzar el istmo.  En esa resistencia el papel de las milicias de afrodescendientes fue decisiva. En 1819 el aventurero Gregor MacGregor realizó el último intento por invadir Portobelo. La ocupó por muy poco tiempo pues las fuerzas locales rescataron la ciudad, y aunque él huyó, el resto de su tropa fue capturada y condenada a prisión.

Portobelo es hoy en día un importante conjunto arquitectónico  en el Caribe panameño, el cual fue declarado Sitio de Patrimonio Mundial por la UNESCO desde 1980. La región de Portobelo es, además, uno de los centros de desarrollo de la cultura Congo, quienes reivindican y visibilizan su herencia africana, a través de su lenguaje, música y danza.