El Realejo fue visitado inicialmente por Gil González y Andrés Niño en 1523, momento en que se declaró a Nicaragua como territorio de la Corona Española. A partir de 1533 y durante tres siglos Realejo fue el puerto comercial y de construcción de barcos más activo del Océano Pacífico. En los alrededores del Realejo había suficientes provisiones para suplir las actividades del puerto, incluyendo algodón, maderas, granos y ganado para el consumo. Protegiendo la boca del puerto se encuentra la Isla del Cardón, la cual permitía navegar hacia el este y el oeste sin importar las condiciones del viento. Pequeños barcos eran reparados en el estuario conocido como Borrachos, Cadavera, o en la parroquia de Espanta de Negros, donde además se encontraba la milicia para la defensa de la Villa del Realejo

La industria de construcción de barcos en América Central estuvo en gran parte estimulada por la esclavitud de indígenas durante las primeras décadas de la Colonia. Durante esta época el puerto de el Realejo fue clave tanto para la construcción de barcos como para el traslado de indígenas esclavizados hacia Panamá y Perú. Durante la conquista de Perú, Nicaragua se estableció como el principal proveedor de soldados españoles, indígenas esclavizados, y recursos agrícolas. En ese momento, el Realejo fue utilizado como el puerto principal durante esta empresa. Debido a la escasa mano de obra indígena para la construcción de barcos, la Corona Española empezó a enviar africanos esclavizados hacia el puerto de El Realejo.

La importancia del puerto de El Realejo empezó a decaer hacia finales del siglo XVI tras la incursión de piratas en el Océano Pacífico y el incremento en la construcción de barcos en las Filipinas. La reubicación de León hacia la base del Volcán Cerro Negro en 1610, disminuyó aún más el rol de El Relajo como puerto. En 1655, Granada y León, junto con El Realejo, fueron atacados y saqueados por el pirata John Davis. Veinte años después Edward Davis, al comando de los barcos del Capitán Edmund Cook, entró por el Realejo para atacar y quemar la ciudad de León, al igual que el puerto de entrada, el cual había sido abandonado poco antes. El Realejo volvió a ser repoblado hasta 1687, momento en que el barco de guerra español San Lorenzo arribó junto con treinta cañones y cuatrocientas personas a bordo.

Para 1740 habitaban en el Realejo quince vecinos españoles junto con ciento ocho familias, la mayoría de las cuales eran mulatas, afromestizas. Además, los trece calafates que laboraban allí eran afrodescendientes, once mulatos y dos zambos. Para el mismo año se recuentan afromestizos esclavizados trabajando para el Convento de la Merced, el corregidor y el guardamayor del puerto del Realejo. A pesar de su declinación, El Realejo continuó utilizándose para la exportación de productos de Nicaragua, hasta 1859.

Hoy en día se conservan en El Realejo vestigios de la época colonial, como lo son las ruinas del Convento de San Francisco y parte de la Iglesia de San Benito. Las ruinas del Convento de San Francisco fueron declaradas de Interés Cultural Nacional en 1968.